大航海時代

1622年，荷蘭東印度公司攻澳門不下，轉進澎湖築城，想逼明朝通商。福建巡撫調兵圍了八個月，1624年雙方談定：荷蘭人退出澎湖，改到大員。他們在沙洲上築熱蘭遮城，收購鹿皮、生絲與砂糖，轉賣到巴達維亞和長崎。兩年後，西班牙人從馬尼拉北上，佔了雞籠的社寮島。

西拉雅各社本來就互相征戰，荷蘭人選邊加入。1635年，公司聯合新港社出兵，燒了麻豆。隔年，小琉球的住民被圍在洞穴裡，燻出來的人被擄往大員。同一年在新港召開第一次村社集會，歸順的頭目領到一根銀頭藤杖。平原上的梅花鹿一年被獵走數萬頭，鹿皮裝船運往日本。

1642年，荷蘭人攻下雞籠，西班牙人撤回馬尼拉。來大員種稻種蔗的漢人越來越多，人頭稅也越收越重。1652年郭懷一率農民起事，公司聯合原住民戰士鎮壓，死者數千。1661年4月，鄭軍趁大潮從鹿耳門駛進台江內海。熱蘭遮城被圍九個月，1662年2月1日，長官揆一簽字投降。